MailStore Server wird regelmäßig durch einen unabhängigen IT-Revisor zertifiziert. Die Prüfung findet auf der Grundlage der Prüfungsstandards des Instituts der Wirtschaftsprüfer in Deutschland e.V. (IDW) „Erteilung und Verwendung von Softwarebescheinigungen“ (IDW PS 880) statt und berücksichtigt alle Teilaspekte der Grundsätze ordnungsgemäßer Buchführung, welche die Archivierung betreffen. Die Zertifizierung berücksichtigt auch die in Österreich und der Schweiz geltenden Anforderungen.

MailStore Server ist neben dieser Zertifizierung zudem DSGVO-zertifiziert. Diese Zertifizierung belegt, dass MailStore Server bei einer sachgerechten Anwendung, eine den datenschutzrechtlichen Anforderungen genügende Verarbeitung der personenbezogenen Daten gemäß der DSGVO ermöglicht. Das Ziel der DSGVO ist es, den Schutz natürlicher Personen bei der Verarbeitung personenbezogener Daten zu gewährleisten. Hierbei steht unter anderem die Unveränderbarkeit der Daten und das Vorhandensein einer Verfahrensdokumentation im Fokus.

Das Bundesfinanzministerium hat bereits am 14.11.2014 das Schreiben zu den „Grundsätzen zur ordnungsgemäßen Führung und Aufbewahrung von Büchern, Aufzeichnungen und Unterlagen in elektronischer Form sowie zum Datenzugriff (GoBD)“ veröffentlicht. Schon bei der Zertifizierung von MailStore Server 9 wurde der Entwurf der GoBD vom April 2014 beachtet. Die in der endgültigen Fassung der GoBD vorgenommenen Änderungen gegenüber dem Entwurf vom April 2014 sind im Wesentlichen redaktioneller oder formaler Art.